De wortel, het ondergrondse gedeelte van de plant of boom, neemt water en opgeloste voedingsstoffen uit de bodem op. Bij bomen worden de wortels dik en verhouten sterk. Aan de toppen van de wortels bevinden zich groeipunten, die gewoonlijk onder invloed van de zwaartekracht naar beneden groeien. Dit wordt positieve geotropie genoemd. Door vertakking van de hoofdwortel worden zijwortels gevormd, en door verdere vertakking ontstaat tenslotte een wortelgestel. Aan de wortel zitten wortelharen die voor de eigenlijke opname van water en minerale voedingsstoffen zorg dragen. In de directe omgeving van de wortelharen (niet verder dan 1,5 mm van de wortel) is een verhoogde biologische activiteit waarneembaar. Deze zone wordt de rhizosfeer genoemd. De wortelharen worden voortdurend vervangen, want ze hebben maar een beperkte levensduur en worden meestal niet ouder dan drie dagen.